Permasalahan yang ada pada pelaksanaan kegiatan tugas pokok adalah sebagai berikut :
- Pelaksanaan disiplin kerja belum dapat termonitor secara elektrik;
- Kurangnya dalam pelaksanaan pelayanan urusan pegawai;
- Masih kurang terlaksana urusan administrasi atau pengagendaan surat menyurat dengan baik;
- Penyusunan dan pengumpulan laporan kegiatan dari masing-masing bidang dan UPTD masih sering mengalami keterlambatan;
- Pengumpulan data terkait tupoksi dari masing- masing bidang masih kurang tepat waktu;
- Masih kurang optimalnya penertiban asset yang ada di SKPD terutama asset yang dihasilkan dari penganggaran kegiatan di bidang-bidang;
- Masih banyaknya data-data yang harus dikaji ulang/ diupdate;
- Penerapan absensi pegawai menggunakan finger print masih belum maksimal;
- Tertib administrasi urusan kepegawaian masih perlu dioptimalkan;
- Masih kurang optimalnya urusan administrasi pengagendaan surat menyurat;
- Kurang tertibnya pengelola kegiatan dalam pengumpulan SPJ sehingga menghambat pencairan keuangan untuk bulan berikutnya;
- Keterbatasan anggaran dan SDM pada Pengembagan Pangan Lokal;
- Kurangnya sarana rapid test kit kemanan pangan;
- SK Ketahanan Pangan sudah tidak sesuai dengan Kelembagaan Perangkat Daerah Kota Cirebon;
- Belum tersedianya anggaran untuk penyiapan perhitungan pola pangan harapan tingkat konsumsi;
- Keterbatasan SDM, Sarana dan Prasarana kegiatan pemantauan dan analisis akses pangan;
- Input data dari SKPD terkait, kadang mengalami keterlambatan;
- Kurangnya SDM teknis peternakan dan kesehatan hewan;
- Kurangnya sarana dan prasarana teknis obat-obatan hewan;
- Kurangnya petunjuk teknis dan pelaksanaan pelatihan teknis bagi petugas di bidang peternakan dan kesehatan hewan;
- Produksi hasil pertanian dan peternakan masih kurang maksimal dan pemasaran masih sulit;
- Pemanfaatan lahan pekarangan masih kurang;
- Masih perlu peningkatan produktivitas padi, dan sempitnya lahan pekarangan di lokasi P2WKSS;
- Masih ada pengurangan lahan basah untuk pertanian di Kota Cirebon;
- Kurangnya ketersediaan bibit unggul hortikultura di Kota Cirebon;
- Minat kelompoktani untuk melaksanakan kegiatan masih kurang;
- Kurangnya SDM teknis untuk pemeriksaan produk hewan dan kesehatan hewan;
- Minimnya SDM petugas pemungut retribusi pemakaian laboratorium kesmavet dan pelayanan keswan;
- Kurangnya kualitas dan kuantitas petugas di UPTD RPH;
- Kurangnya stok bibit sapi betina produktif dan berkualitas;
- Kurangnya peralatan peternakan dan pengolah pakan;
- Ketersediaan Jumlah Pakan Hijauan rumput;
- Belum adanya rumah fermentasi jerami beserta perlengkapa pengolahannya, dan belum memiiki gedung pertemuan pada UPTD BPTP;
- Pada UPTD BPBTPH Terbatasnya media tanam seperti : polybag, tanah humus, sekam, pupuk, pot, drum, Seedling tanaman yang terlalu tua sehingga sulit untuk diokulasi;
- Belum adanya pembinaan, pengawasan peredaran dan pemantauan produksi benih;
- Fasilitas internet, green house dan screen house dalam keadaan rusak, sehingga akses data online dan tanaman kurang maksimal di UPTD BPBTPH;
- Kurang maksimalnya fungsi laboratorium kultur jaringan di UPTD BPBTPH;
- Kurangnya SDM pada kegiatan Pembinaan Sumberdaya Kelautan dan Perikanan dan Pengelolaan, penyelenggaraan Tempat Pemasaran Ikan;
- Perlunya pengembangan lele mutiara di UPTD BPBIAT;
- Perlunya penyiapan lahan budidaya guna optimalisasi produksi budidaya, dan banyaknya mortalitas diakibatkan karena pola musim dan kualitas air yang ada di UPTD BPBIAT.